山水林田湖草系统治理观强调要以维护和提升区域生态系统服务功能为核心，统筹管理自然资源与环境、水土流失治理与生态保护、水—气—土—生要素管理等 。目标是保护生态系统的原真性、完整性及其生态服务功能，平衡生态环境保护与经济发展、资源利用的关系。
现阶段水土保持工作存在的问题包括：
1.水土资源对经济发展的约束作用日益增强，资源供需矛盾仍较为突出
2.山水林田湖草一体化系统治理刚刚起步，仍需进一步发展
3.生产建设活动频繁，人为水土流失控制压力增大
4.水土保持监督管理尚不健全，综合监管亟待加强
5.水土保持投入和设施运行维护机制有待完善
6.公众对山水林田湖草一体化的认识及其水土保持意识需要进一步提高
在水土保持工作中必须注重水土保持目标是一个多目标权衡的过程，水土流失治理、污染防治、生态保护与自然资源利用应实施统一管理，以有效平衡开发利用与保护的关系。水土保持工作必须从全局视角出发，多要素综合统筹，根据相关要素功能联系及其空间影响范围，寻求系统性解决方案，而不仅仅是对山、水、林、田、湖、草分别采取单一治理对策 ；应尽可能采用近自然方法和生态化技术，减少对环境的扰动，根据水土流失的不同对象、不同受损程度和不同阶段，在一定尺度空间内将各要素水土保持工程串联成一个相互独立、彼此联系、互为依托的整体，从大气、水、土壤、生物等要素出发，促进生态系统服务功能的逐步恢复，保证点、线、面修复的叠加效应，实现多维度、立体式推进。山水林田湖草系统治理观在水土保持中的应用主要体现在区域和流域尺度。
1. 区域尺度：因地制宜，分区实施
在区域治理的尺度上，坚持因地制宜和分区实施的原则，即根据各地不同的自然地理条件、水土资源状况、社会经济发展情况、生态环境破坏程度等具体情况，全面考虑各方面因素，兼顾经济效益、社会效益和生态环境，因地制宜，分别制定相适宜的山、水、林、田、湖、草系统治理模式及管理方式 。不同区域的自然地理条件不同，所面临的生态环境问题重点必然会存在差异，因此在恢复生态功能的同时需要注重差异性，抓住区域不同的主导生态功能和生态系统结构特征，制定差异化水土流失治理方案和实施路线图。同时注重对各区域生态特色的保护，充分发挥各地的资源优势和文化特色，提升水土保持效益、经济效益和生态效益，实现区域内山水林田湖草多方面提升。结合现有新技术和新方法，如空间分析技术和“３Ｓ” 技术，提升区域尺度生态问题识别力，确定重点修复区、重点治理区和重点保护区，并通过“一区一策”方案有针对性地实施各项措施 。
2. 流域尺度：系统修复，整体推进
流域尺度上的山水林田湖草系统治理主要结合生态清洁小流域建设进行，根据小流域自然和社会经济状况及区域国民经济发展的要求，以小流域水土流失治理为中心，以生态、经济效益提高和社会经济持续发展为目标，以基本农田结构优化和高效利用及植被建设为重点，建立具有水土保持兼高效生态经济功能的半山区小流域综合治理模式 。按照流域各生态系统的整体性、系统性及其内在规律，统筹考虑自然生态各要素，采用从整体到部分、从部分再到整体的综合分析方法，以维护水源涵养、防风固沙、洪水调蓄、生物多样性保护等生态功能为核心，突出主导功能提升和主要问题解决，维护流域生态安全，确保生态产品供给和生态服务价值持续增长。
水土保持系统治理要点
以山水林田湖草系统治理观为指导，充分考虑各要素之间的关系，从全局视角出发，多要素综合统筹，根据相关要素功能联系及空间影响范围，将其作为有机整体，寻求系统性解决方案，而不仅是对山、水、林、田、湖、草分别采取单一治理对策。注重水土保持目标是一个多目标权衡的过程，对水土流失治理、污染防治、生态保护与自然资源利用实施统一管理，以有效平衡开发利用与保护的关系 。尽可能采用近自然方法和生态化技术，减少对环境的扰动，根据水土流失的不同对象、不同受损程度和不同阶段，在一定尺度空间内将各要素水土保持工程串联成一个相互独立、彼此联系、互为依托的整体。
1. 以矿山环境恢复为中心的区域系统治理
矿山环境治理是区域山水林田湖草系统治理的重要部分，是以矿山环境恢复为中心开展区域系统生态环境治理，并进行发散式修复，将区域内各矿山节点进行连接形成覆盖整个区域的修复网络，整体推进山水林田湖草的一体化治理 。改善重点生态区域及周围人类活动区废弃的矿山，同时通过植物措施加强山体的保护，防治水土流失和山地灾害 。加强地下水监测，积极治理水体污染和土壤污染，对过度开采地下水的区域进行综合治理。主要任务包括：矿山生态环境保护与恢复分区、固体废弃物污染防治、毁损地植被与景观恢复、矿区土地复垦与土壤污染防治、水资源保护与水污染防治、水土流失控制、大气污染防治、地质环境保护与恢复、土壤污染防治、生态环境监测与评估等。
2. 以土地整治与污染修复为重点区域系统治理
在重要生态区域内按照土地利用总体规划、城市规划、土地整治专项规划确定的目标和用途，采取行政、经济和法律等手段，运用工程建设措施，对田、水、路、林、村实行综合整治、开发，对配置不当、利用不合理，以及分散、闲置、未被充分利用的农村居民点用地实施深度开发，提高土地集约利用率和产出率，改善生产、生活条件和生态环境的过程，其实质是合理组织土地利用，包括土地整理、土地复垦和土地开发 。重点实施沟坡丘壑系统治理，修复破碎土地，治理沙化和盐碱化的土地，实施坡改梯等工程；对于污染土地综合运用源头控制、隔离缓冲、土壤改良等措施，防控土壤污染。
3. 开展区域生物多样性保护
加快对珍稀濒危动植物栖息地区域的生态保护和修复，并对已经破坏的跨区域生态廊道进行恢复，确保连通性和完整性，构建生物多样性保护网络，带动生态空间整体修复，促进生态系统功能提升。修复方法包括：
①封山育林。实施有效的封山育林措施，保护天然生态系统的林木与生境，促进天然植被的顺行演替与发展。
②林分改造。天然植被的演替过程较为漫长，为了促进森林快速顺行演替，可对处在演替早期阶段的林分进行改造，加速其演替进程。
③抚育。根据天然植被所处的演替阶段，对处于后期演替阶段的种类进行抚育，促进演替发展；择伐一些先锋树种的个体，促进后演替阶段的种类生长，并使之顺行演替为生态效益最高的地带性植被的顶级群落类型。
④人工改善植被生长外部环境。通过人工补播、补植等营林措施和局部整地、割灌、除草、间苗、定株、除去过多萌条等抚育措施，促进幼树生长，调整种类组成与密度，改善林分结构，加强森林植被保护。
4. 推动流域水环境保护治理
以重点流域为单元，以生态清洁流域建设为重点，采取工程与生物措施相结合的方式进行流域水环境综合治理，对重要的江河源头及水源涵养区开展生态保护和修复。治理过程中应采取生态清洁流域治理技术，以河道为中心，建立生态修复区、生态治理区、生态保护区三道防线 。第一道防线，在生态修复区内选择天然（次生） 植被生长状况较好、比较偏远、人和牲畜活动难以到达、水土流失极其严重的区域进行封禁。目的是减少人类对林地的干扰和破坏，使其沿着自然演替的方向发展， 进而使种群不断地繁衍和扩大。同时还要因地制宜实施地表径流污染物拦截与净化利用工程、入湖河口污染负荷削减工程、生态修复区岸堤构建和水动力改善工程、水陆交错带水生植被重建工程和沉水植物群落恢复构建及水质改善工程等。第二道防线，在生态治理区营造水源保护林，护岸护坡，并进行土地整治和污水处理。第三道防线，在生态保护区进行河（库）滨带治理、湿地恢复和沟道清洁治理。