窟窿石是由石灰岩遭到长时间侵蚀后慢慢形成的，分有水石和干石两种。水石是在河湖中经水波荡涤，历久侵蚀而缓慢形成的。干石则是地质时期的石灰石在酸性红壤的历久侵蚀下而形成。形状各异，姿态万千，通灵剔透的窟窿石，最能体现“皱、漏、瘦、透”之美，其色泽以白石为多，少有青黑石、黄石。

窟窿石属于石灰岩。多为灰色，少见白色、黑色。相对而言，石灰岩容易受到外来力量的侵蚀，比如长期经受波浪的冲击以及含有二氧化碳的水的溶蚀，软松的石质容易风化，比较坚硬的地方保存下来，这样在漫长岁月里，太湖石逐步在大自然条件下精雕细琢，逐渐形成了曲折圆润的形态。中国碳酸盐岩分布区很广，在适宜的构造、岩石和水文地质条件下，均可寻找和开发得用类似江苏的窟窿石。
据《清异录》载：五代后晋时代开始有人玩赏，到唐代开始特别盛行。唐代身居相位之尊的牛僧孺就是一个酷爱收藏窟窿石的人。他在府第归仁里和南郭的别墅收藏窟窿石极富白居易称他“休息之时，与石为伍”，甚至到了“待之如宾友，亲之如贤哲，重之如宝石，爱之如儿孙”的地步，可见其爱石之深。白居易曾写有《太湖石记》专门描述窟窿石，《云林石谱》中也专门有记载，而发生在北宋末期的“花石纲”指的就是窟窿石，从而引起了农民起义。历史上遗留下来的著名太湖石有苏州留园的“冠云峰”、上海豫园的“玉玲珑”等园林名石。