通常木化石均有较多裂缝或缺口，还常常有些地方木头化石已被别的物质如玛瑙等填塞置换，这些都是经过漫长岁月形成的自然产物，而非人为填补的结果，亦不应视为瑕疵反而这正是其奇妙之处。